Bayer 04 Leverkusen, Avrupa kupalarında bugüne kadar Türk takımlarıyla iki kez eşleşti.
Fenerbahçe ile 2001-02 sezonu Şampiyonlar Ligi grubunda karşılaşan Alman ekibi her iki maçı da 2-1 kazanmayı başarırken, 2006-07 UEFA Kupası grubunda karşılaştığı Beşiktaş'ı da kendi evindeki maçta 2-1 yendi.
